Istilah "pemurnian" mempunyai sejarah yang panjang dalam bahasa Cina, asalnya bermaksud "untuk menjadikan bersih dan tulen," dan secara umum boleh merujuk kepada semua proses dan teknologi untuk membuang kekotoran dan menghapuskan pencemaran. Istilah bahasa Inggeris yang sepadan termasuk "pemurnian" (menekankan kesucian) dan "bersih" (menekankan kebersihan). Oleh itu, ungkapan bahasa Inggeris untuk kejuruteraan bilik bersih termasuk "Kejuruteraan Pembersihan," "Kejuruteraan Bersih," atau "Teknologi Bilik Bersih," antara lain. Makna luas ini menentukan bahawa kejuruteraan bilik bersih mempunyai konotasi yang berbeza dalam disiplin yang berbeza.
Kejuruteraan bilik bersih moden, dengan teknologi bilik bersih pada terasnya, berasal dari tahun 1950-an. Semasa Perang Korea, tentera AS mendapati bahawa banyak instrumen elektronik kerap rosak akibat pencerobohan habuk, yang mendorong pembangunan teknologi penulenan udara, terutamanya penyelidikan dan penggunaan penapis udara zarah (HEPA) berkecekapan tinggi. Pada tahun 1961, Willis Whitfield dari Sandia National Laboratories mencadangkan skim organisasi aliran udara bersih "aliran lamina" (kini secara rasmi dipanggil "aliran satu arah"), membolehkan bilik bersih mencapai tahap kebersihan yang tidak pernah berlaku sebelum ini. Pada tahun yang sama, Tentera Udara AS mengeluarkan standard bilik bersih pertama di dunia, dan pada tahun 1963, FED{11}}STD-209 Persekutuan AS telah diterbitkan, menandakan pembentukan awal sistem teknologi bilik bersih. Selepas itu, dengan perkembangan pesat industri seperti litar bersepadu dan bioperubatan, teknologi kejuruteraan bilik bersih telah terus berinovasi dan berkembang.
Di China, "Kod Reka Bentuk Bilik Bersih" (GBJ 73-84) telah diisytiharkan pada tahun 1984, dan "Kod Pembinaan dan Penerimaan Bilik Bersih" (JGJ 71-90) telah diisytiharkan pada tahun 1990. Selepas beberapa semakan, sistem piawaian kebangsaan dengan GB 50073-2013 telah dibentuk "Clean Design" terasnya. Di peringkat antarabangsa, siri piawaian ISO 14644, yang disusun oleh jawatankuasa teknikal ISO/TC209, adalah garis panduan biasa untuk bilik bersih dan persekitaran terkawal yang berkaitan. negara saya telah menerima pakai piawaian ini dan melaksanakannya sebagai siri GB/T 25915.